साग्या मठ तिब्बती स्वायत्त क्षेत्र के शिकाजे की साग्या काउंटी में स्थित है, जो तिब्बती बौद्ध धर्म के पांच संप्रदायों में साग्या शाखा का मुख्य मठ है। युआन राजवंश के सम्राट कुबलाइ ख़ान ने साग्या संप्रदाय के पांचवीं पीढ़ी के मठाध्यक्ष फाग्पा को देश के सर्वोच्च धार्मिक गुरू के पद पर नियुक्त किया और उन्हें जेड मुहर भेंट की। साथ ही उन्हें राष्ट्रीय बौद्ध मामलों का प्रबंधन करने और तिब्बत का प्रशासन करने में केंद्रीय सरकार को सहायता देने का अधिकार भी दिया गया। इसी जमाने में तिब्बत औपचारिक रूप से चीन के नक्शे में शामिल हुआ।